Depuis 2002, Marie-Christine Pannetier est chargée de missions auprès de la Direction des Affaires Scolaires pour mettre en oeuvre les actions pédagogiques, culturelles et événementielles, destinées aux professeurs de musique de la ville de Paris et à leurs élèves des écoles élémentaires de la capitale..

Sa carrière de chef de choeur reflête sa vocation pédagogique et son exigence de qualité. En 1990, elle crée son premier choeur d'adultes à Vaucresson : le choeur Al Fin Voce et, est appelée en 1998, à créer et à diriger la chorale du comité d'Entreprise du journal Le Monde ainsi que son propre Groupe vocal Pro Homine. Elle entreprend avec tous ces choeurs un travail exigeant sur l'ensemble du répertoire du chant choral de la Renaissance à nos jours, refusant la spécialisation dans une époque pour laisser percevoir à l'auditeur les influences évidentes mais aussi les contrastes qui existent dans le traitement vocal et l'interprétation stylistique.